导演由于个人因素开始拍摄宫庙祭典、灵媒的故事，却意外踏上一段“神展开”的旅程。影片主角是一群“常请◯◯吃饭的通灵姊姊”──能替神明传讯、説天语的阿宝师（九皇子）、美玲老师（林默娘）、翻译天语的贯誉老师，以及西拉雅族的阿立祖代理人，尪姨秋燕。影片中最重要的事件在台南展开：2016年八月，位于台南市鹿耳门溪口（郑成功登陆台湾的地点），主祀郑成功的镇门宫举行了三天的法会，向当年在郑氏王朝统治下被屠杀的西拉雅族人道歉、超渡亡灵。

镇门宫主委林先生表示这是国姓爷託梦，希望藉祝寿法会表达歉意、化解三百多年来的恩怨。但法会举行之后，由于对原住民文化的无知，不但错误的使用服饰、法器和仪式，又随便让自称为阿立祖的乩童膜拜高高在上的国姓爷神像……激起了西拉雅族部落的愤怒。曾与林先生有一面之缘的导演在网路上看到这则新闻，于是带著贯誉老师和阿宝师前去拍摄，希望从中调解，没想到“公亲变事主”，接手主办第二次与当地西拉雅族和解的法会，参与了“郑成功”的忏悔与和解之旅。

表面上，《看不见的台湾》是一部关于台湾民间信仰的纪录片，关于看不见的“能量体”相互交流成就夙愿；但就如每一个民间神祇的诞生都因活著的人而存在，这部影片以超越政治的角度触碰的，其实是台湾最敏感的族群衝突与历史和解问题。

在导演团队介入之后，首先请来阿宝老师和台南番仔田部落的尪姨秋燕，让郑成功和阿立祖来一段天界会谈。不知是不是因为三位女性过人的协调与沟通能力，过程出乎意料的温柔、幽默。（经贯誉老师翻译）尪姨表示，代表西拉雅族的祖灵阿立祖有著清明的爱，已不需要接受道歉，反而是阿宝老师代言的郑成功，因罪孽深重，愿担起一切以他为名的杀戮责任、忏悔并表示和解的诚意，因为如此才能“陞云”为神明，替人民祈福。经过反覆的沟通与团队努力，第二次法会终于圆满完成，而参与的“能量体”更为台湾族群与两岸问题送上祝福：不再流血，以和平为目标。

如此期许似乎过度简化了台湾複杂的政治与社会现状，也许另一个世界的逻辑简单得多，善恶有报，受压迫者回归祖灵得到平静，压迫者因追求私慾而受百年煎熬。要在人间取得公平正义却不是那麽容易，这部纪录片从拍摄到上映的同时：争取传统领域的原住民团体在凯道集结抗议，被驱赶后迁至捷运台大医院站1号出口，抗议活动进行了400天后，不但没有得到任何回应，更在3月底被台北市府强行拆除。过去可以抚慰，活著的人却等不到转型正义。缺少尊重、宽容与沟通，现代政治人物似乎并不为自己未来“陞云”做准备，《看不见的台湾》形而上的美丽愿景是否有开花的一天？

民间信仰一直是台湾电影与历史、土地产生连结的重要文化元素，近年来《妈祖迺台湾》（2014）、《红衣小女孩》（2017）、《通灵少女》（2017）等与民间信仰相关的影视作品一反传统习俗重男轻女的观念，呈现出生命礼俗中的女神、女性身影，让人感到兴奋。

影片中，像每天到巷口一起等垃圾车的邻居那样平易近人的阿宝师、贯誉老师、美玲、尪姨秋燕展现了超凡的魅力、智慧和气势；就像白沙屯妈祖进香时个个勇过铁人的欧巴桑、欧里桑、推著婴儿车的妈妈们；热血不只是年轻人的事。当社会充满衝突与压迫、因资源争夺与意识形态陷入困境，或者你只是觉得最近气运不顺，《看不见的台湾》传递的讯息是：相信自己、相信那个陪伴我们成长的熟悉声音、相信善意会与沟通会带来改变的力量。跟所有宗教经验一样，《看不见的台湾》可以是放下科学逻辑的一次集体经验，是值得让人走进电影院，跟一群人同欢的体验，像一场球赛、一次游行；像妈祖遶境一样，是一次进香，是一场庆典。

写《使女的故事》的小说家玛格丽特•爱特伍（Margaret Atwood）在一次访谈中被问及是否相信神的问题时回答：正因为人类有了複杂的语言，我们开始发挥想像力创造具有时序、甚至超越人类起源与未来的神话故事：黑洞、宇宙大爆炸……，最终必定会追溯至一个我们无法解释的时间点。就如《少年PI的奇幻漂流》的结尾，无神论与信仰最终只是一个选择性的问题：因为我更喜欢这个版本的故事。比起科学，我们会更喜欢宗教的解释，因为它有人性，能够同理。原子、夸克对我们的生活漠不关心；但我们能和神明对话、诉说烦恼与祈愿。

因为祂们即是我们的倒影。